ゾイドとは、银河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。惑星が最后を迎え、人类は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不虑のタイムワープで、突如、21世纪の地球にゾイドが出现。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変动で地球は一度灭びた。レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発したccc