隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。继第一章“Spring of Birth”、第二章“Midsummer
在近未来的世界中，日本政府在东京沿岸设立了一个特别管制区，表面是做为经济特区的实验都市，但其实暗地在特区一所国际学校中，培养一批名为"UNDER THE DOG （败犬）"的特殊暗杀部队。总共有七名被称为"Flowers"的少男少女，他们各自拥有著常人所无法想像的特殊能力。替政府到世界各地执行暗杀的UNDER THE DOG，并没有作战以外的选项，只要队员想要逃走或自杀，军方就会引爆设置在他们亲友头部的超小型炸弹，这群年轻人将抹杀掉所
